《规划》提出了10项预期性和6项约束性指标，首次将国家食品安全城市创建、主要食品品种信息追溯覆盖率、食品药品行政审批网上办事可实施率、基层食品药品监管人员数占常住人口比重列为主要指标；同时还突出“两个注重”：一是注重选择与人民生活密切相关的、衡量评价本市食品药品安全状况方面的指标，如主要食品安全总体监测合格率、集体性食物中毒事故年报告发生率、食品安全风险监测覆盖率、药品化妆品质量抽检总体合格率、公众食品安全基本知识知晓度评分等；二是注重选择强化源头治理和企业主体责任的落实指标，如农产品标准化生产率、地产农产品单位面积农药化肥使用量、高风险食品生产经营企业强制责任险覆盖率等。其中集体性食物中毒事故发生率要求比原来下降1个百分点，餐厨废弃油脂处理要全部实施电子化全程监管，“明厨亮灶”覆盖率要达到50%以上，同时每一万人中基层食品药品监管人员要有3人。

对于无证无照餐饮门店过期使用的问题，《规划》提出，“十三五”期间要建立各部门联合整治协调机制，进一步完善相关法律法规建设，守住食品安全的底线。